不是所有建議接種對象都可接種公費疫苗。依照衛生福利部傳染病防治諮詢會-預防接種組（ACIP）建議，於流感流行季來臨前建議接種流感疫苗者包括，年滿6個月至18歲者，尤其未滿5歲幼兒為高危險群； 50歲以上成人；具有慢性肺病（含氣喘）、心血管疾病、腎臟、肝臟、神經、血液或代謝疾病者（含糖尿病）；免疫功能不全者；任何孕程懷孕婦女；居住於安養、養護等長期照護機構之受照顧者；肥胖者（身體質量指數body-mass index>=35) ；醫療照顧者；與<5歲幼兒、50歲以上成人或其他流感高危險族群同住或其照顧者，尤其6個月以下嬰兒之接觸者。而每年政府將依照疾病風險將部分對象納為公費接種實施對象。