接種日本腦炎疫苗主要目的是預防日本腦炎。臺灣屬於日本腦炎流行區，流行季節主要在每年5至10月，病例高峰通常出現在7月。日本腦炎是由蚊傳播的日本腦炎病毒所引起的疾病，大部分受感染人士並沒有任何徵狀。每250個受感染者中只約有1人會有病徵，潛伏期約為4至14日，病徵包括頭痛、發燒、噁心和嘔吐，情況嚴重的會進一步惡化以致昏迷及神志不清，死亡率會高達35%。即使生存下來的人士，約有30%會有神經系統損壞如癱瘓。 

　　現行日本腦炎疫苗預防接種每一小孩須接受四劑，出生滿15個月之幼兒即可接種第一劑，間隔兩週接種第二劑，隔年再接種第三劑，國小一年級追加一劑。 疫苗接種後約六至八週產生抗體，目前本國為全年提供疫苗接種。 因為日本腦炎疫苗屬於不活性病毒疫苗，接種後其反應較小，通常只會局部反應在接種部位，會出現有發紅、腫脹、疼痛等症狀，少數人產生全身性的反應，如發燒、惡寒、頭痛及倦怠感等，這些反應只要二至三天就會自動消失，在極微小機率下，接種後有休克或過敏現象、抽搐或意識障礙等特殊反應，請立即至醫院診治處理。