依據南投縣鄉鎮縣轄市衛生所組織規程第4條辦理。

醫政業務

緊急醫療救護（含救護車管理）

心理衛生（精神疾病、自殺防治、心理健康促進等）業務管理

行政相驗（死亡證明書申請）

醫療業務（醫療門診服務、成人健康檢查、一般體格檢查、偏遠地區巡迴醫療、專科門診）

藥政及毒品防治業務

用藥安全衛生教育

藥物濫用防制（反毒）衛生教育

衛生保健業務

慢性病防治

癌症防治

預防及延緩長者失能

菸害防制

職業衛生及職場健康促進管理

健康體能及代謝症候群及肥胖防治

社區整合性健康篩檢

婦幼及優生保健

兒童青少年保健

油症（多氯聯苯）個案管理

疾病管制業務

蟲媒傳染病防治

食物或飲水傳染病防治

空氣或飛沫傳染病防治

性接觸或血液傳染防治

接觸傳染病防治

預防接種

新興傳染病防治

長期照護業務