本所奉令於民國三十六年十月成立台中縣衛生院能高分院，設立於埔里鎮南門里中山路二段 370號，當時就辦理醫療、保健、防疫、衛生行政等業務；至民國三十七年十月更名為台中縣埔里鎮衛生所，民國三十九年十二月因行政區域之改制，更名為南投縣埔里鎮衛生所，繼續辦理上項工作；因所舍簡陋，不合衛生工作與現代水準之要求，遂於民國四十二年經埔里鎮公所編列年度預算，配合農復會之補助，在埔里鎮東榮路與南盛街，現第三市場址，興建新穎之辦公廳舍； 並於民國五十一年奉令隸屬於埔里鎮公所附屬機構，受埔里鎮長之指揮監督；至民國六十三年七月又因全盤業務需要，奉令再度隸屬於南投縣衛生局指揮監督。

　　本鎮因人口增加，工商業快速發展，應埔里鎮公所興建第三市場之需要，且辦公廳舍歷久陳舊、破損，且不敷實際需要，于民國六十九年十一月遷建於北門里北辰街 128號，當時之辦公廳舍蒙台灣省衛生處專款補助醫療器材，新穎寬闊的建築，內部設備齊全，可提供民眾更全面性的醫療保健及公共衛生相關服務。
惟民國八十八年九月二十一日集集大地震，衛生所堅固的建築物，也不敵其威力被震塌而拆除；幸得力於台北華僑獅子會資助，在北門里中山路二段 230-1號，興建一棟鐵皮屋，作為我們臨時辦公場所，至於衛生所辦公大樓已 於93年10月11日正式啟用，並於93年11月21日由縣府主辦埔里行政園區內及各機關同時正式啟用典禮。

　　為因應偏僻地區，合成里民眾醫療需求，大坪頂衛生室因實施陽明山計畫於民國五十一年四月設立；向善基保中心則于民國七十八年十二月，在地方熱心人士捐錢、捐土地及政府補助下，將健康管理深入每一個家庭。